À partir de la première classe, les enfants sont invités à suivre des cours de musique hebdomadaire avec un professeur spécialisé. L’approche du répertoire des chansons est progressive, commençant par des chants simples traditionnels à l’unisson, puis évoluant vers des morceaux plus complexes (des canons d’abord, puis des chansons à deux ou trois voix égales et finalement la polyphonie en fin de cycle).
Les thèmes des chansons apprises en cours de musique se rapportent souvent aux thèmes abordés en cours d’enseignement principal : les saisons de l’année, les rythmes de la nature et les fêtes cardinales (1e classe), les fables et histoires d’animaux (2e classe), les chansons associées aux métiers traditionnels (3e classe) et, plus tard, le répertoire de musique traditionnelle française, la musique en langue étrangère (4e et 5e classes) et la musique des différentes traditions du monde (6e classe).
En cours de musique, les enfants font connaissance des différents instruments de musique depuis la première classe. Différentes approches sont proposées dans ce sens, la lyre en 1e classe, la flûte à bec en 2e classe et les instruments de percussion tout au long du cycle, pour soutenir l’apprentissage du rythme. En 2e classe, les enfants font connaissance des grandes familles instrumentales et chaque instrument est présenté par le biais d’une histoire afin d’aider les élèves à choisir un instrument.